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Le(la) chercheur(se) intègrera une équipe de recherche impliquée sur la compréhension de l'émergence et du caractère invasif de microorganismes phytopathogènes (bactéries, virus, phytoplasmes). Ses objectifs seront de (1) retracer l'histoire des invasions par ces organismes à différentes échelles spatio-temporelles, (2) déterminer les facteurs évolutifs, environnementaux et humains associés aux dynamiques épidémiologiques, (3) replacer ces études dans le contexte plus global de l'écologie des communautés et (4) appliquer les connaissances des génomes ainsi acquises au développement de méthodes innovantes de diagnostic moléculaire. Le(la) chercheur(se) aura pour mission, notamment sur les deux modèles bactériens de l’équipe (i.e. Ralstonia et Xanthomonas), de développer des analyses de données NGS visant à comprendre les processus écologiques, démographiques et adaptatifs qui régissent les dynamiques de populations microbiennes avec trois objectifs principaux : (1) caractérisation du génome accessoire et des dynamiques de transfert horizontaux, (2), optimisation de « workflows » dédiés au SNP calling en vue d'analyses épidémiologiques et évolutives, (3) mise en place et organisation de bases de données multicritères synthétisant des informations sur le génome de base, le génome accessoire, les voies métaboliques, le typage MLST et/ou SNP, les profils de résistance aux antimicrobiens. Les activités seront menées en forte interaction avec (1) des chercheurs partenaires dans des unités de recherche en santé végétale du Labex Agro de Montpellier, le réseau FNX (French Network on Xanthomonas) et d’autres organismes de recherche européens et étrangers impliqués sur les questions d'invasions biologiques et d'épidémio-surveillance et (2) avec le collectif scientifique en bioinformatique actuellement en construction au CIRAD à Montpellier.

Spécialiste en biologie évolutive titulaire d’un doctorat et de préférence ayant effectué un ou plusieurs contrats postdoctoraux en microbiologie sur des modèles procaryotes. Des solides connaissances en programmation (langages python, perl, Java), dans les systèmes de gestion de base de données (MySQL, PostgreSQL), ainsi que dans les outils usuels d’analyse de données et de bio-statistiques (notamment sous R) sont requises. Un objectif fort de ce recrutement est de mettre la génomique en position centrale dans notre collectif. De très bonnes capacités relationnelles sont donc nécessaires pour interagir quotidiennement au sein d’une équipe multidisciplinaire (épidémiologie moléculaire, génétique des populations, interactions plantes-bactéries ou diagnostic moléculaire) et pour monter des projets en collaboration avec des partenaires de recherche et de développement technologique.