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• Le(la) chercheur(se) aura pour mission de développer de nouvelles approches d’analyses bioinformatiques en métagénomique/métatranscriptomique pour mieux comprendre les interactions entre facteurs biotiques dans les agro-écosystèmes méditerranéens et tropicaux, et en particulier entre l’hôte végétal et les micro-organismes symbiotiques (ainsi que pathogènes) qui le colonisent. • L’agent s’attachera à remplir six missions principales, (i) mise en place d’une démarche qualité pour le traitement des données, (ii) développement de « workflows » dédiés à l’analyse qualitative et quantitative de métagénomes/métatranscriptomes, (iii) création/optimisation de programmes d’assignation de métagénomes/métatranscriptomes, (iv) mise en œuvre de programmes pour intégrer et conceptualiser les méta-données, (v) création/gestion de bases de données métagénomiques/métatranscriptomiques et (vi) co-animation d’une équipe collaborative en bio-informatique autour des axes stratégiques du Cirad. • Les activités seront menées en forte interaction avec des microbiologistes spécialisés en écologie moléculaire au sein du Laboratoire des Symbioses Tropicales et Méditerranéennes (équipe Symbiose et Résilience Ecosystémique), et axées sur des fronts de recherche innovants permettant d’appréhender les processus écologiques, démographiques et adaptatifs qui animent les populations microbiennes. La mise en place de ces activités sera effectuée en collaboration avec l’UMR BGPI(équipe Biodiversité des phytovirus et quarantaine des plantes), et une partie du temps de travail sera dédiée au fonctionnement d’un collectif associant biologistes et informaticiens de plusieurs unités du Cirad (Campus international de Baillargue et et UMR PVBMT à la Réunion).

• Informaticien(ne) ou Bio-informaticien(ne), titulaire d’un doctorat (expérience postdoctorale recommandée). Des connaissances en microbiologie environnementale seront un atout. • Le(a) candidat(e) doit avoir de fortes compétences en programmation (langages python, perl, Java, R), dans les systèmes de gestion de base de données (MySQL, PostgreSQL), ainsi que dans les gestionnaires de workflow informatiques (eg. Galaxy). De bonnes connaissances dans les outils usuels d’analyse de données (eg. MG-RAST, MEGAN) sont requises. • Des compétences en bio-statistiques appliquées à l’écologie (analyses multivariées et réseaux) seraient un atout afin de répondre aux spécificités des données traitées, à l’interface entre écologie moléculaire et agro-écologie. • Des compétences pour les activités de soutien (capacités collaboratives, pédagogie) et un esprit innovant seront nécessaires, particulièrement pour la mise en place du collectif en bioinformatique et la conceptualisation des recherches menées dans le collectif, allant de l’organisme à l’écosystème.